分支机构向所在地的主管税务机关申报缴纳增值税。具体规定是，总机构和分支机构不在同一县、市的，应当分别向各自所在地的主管税务机关申报纳税。经财政部和国家税务总局或者其授权的财政和税务机关批准，可以由总机构汇总向总机构所在地的主管税务机关申报纳税。

《税收征收管理法》第四条规定，法律、行政法规规定负有纳税义务的单位和个人为纳税人。 法律、行政法规规定负有代扣代缴、代收代缴税款义务的单位和个人为扣缴义务人。 纳税人、扣缴义务人必须依照法律、行政法规的规定缴纳税款、代扣代缴、代收代缴税款。